Неизлечимая болезнь супруги заставляет о.Василия подумать о других условиях служения Церкви. В 1896 г. он решил поступить в Казанскую Духовную Академию, которую окончил в 1900 г., получив степень кандидата богословия. Бывший тогда ректором Академии епископ Антоний (Храповицкий) предложил о. Василию остаться в Казани в качестве преподавателя.
С 1905 г. о. Василий служил в кафедральном соборе Казани, и в 1907 г. стал членом духовной консистории. Через год умирает его жена, и о. Василий по благословению вл. Антония оставляет Казань и и поступает в Александро-Невскую Лавру, где принимает пострижение в монашеский чин с оставлением ему прежнего имени. После пострижения он был назначен ректором Черниговской духовной семинарии с возведением в сан архимандрита.
26 июля 1909 г. в Александро-Невской лавре архимандрит Василий был рукоположен во епископа Сумского, викария Харьковской епархии. Через два года вл. Василий стал епископом Черниговский и Нежинским. С именем преосвященного Василия было связано множество начинаний в епархии: постройка странноприимных домов для паломников к мощам св. Феодосия, санатория для воспитанников семинарии, открытие второго женского епархиального училища, устройство целого ряда благотворительных учреждений. Благодаря миссионерской деятельности братства во имя св. Михаила Черниговского, возглавляемого еп. Василием, обратилось в единоверие большое количество старообрядческих беглопоповских и беспоповских поселений. В епархии было создано единоверческое Старообрядческое благочиние, в ведении которого насчитывалось 18 церквей, в них богослужения совершались по древнеправославным обрядам. Большое внимание епископ уделял благотворительности. Стараниями владыки Василия в тяжелые неурожайные годы удалось собрать крупную сумму пожертвований для пострадавших от неурожая губерний.
В 1916 г. епископ Василий был возведен в сан архиепископа и назначен исполняющим обязанности председателя издательского отдела при Святейшем Синоде. После февральской революции он был арестован и доставлен в Петроград. Ему были предъявлены нелепые обвинения: “узурпация власти” и “стремление к наживе”, имя его было оболгано в печати. И хотя невиновность его была доказана, по указу временного правительства он был освобожден от присутствия в Синоде и уволен на покой с назначением управляющим Николаевской Теребенской пустыни Тверской епархии.
Но затем владыка был вызван в Москву для участия в Предсоборном совещании, а в августе был назначен настоятелем Заиконоспасского монастыря в Москве. Он принимал участие в Поместном Соборе 1917/18 гг.
Когда в Перми большевики убили архиепископа Андроника, Собор решил направить в туда комиссию для расследования обстоятельств злодеяния во главе с владыкой Василием. В комиссию вошли архимандрит Матфей, ректор Пермской семинарии, и миссионер Алексей Зверев. Архимандрит Матфей (в миру Михаил Владимирович Померанцев) был делегатом Поместного собора от монашества и входил в комиссию, занимавшуюся вопросами гонения на православную церковь. По его инициативе был поднят вопрос о “так называемом большевизме в Церкви”. Архимандрит Матфей также был одним из участников расследования убийства митрополита Владимира Киевского.
Комиссия собрала обширный материал о пермских событиях. Когда по окончании расследования комиссия возвращалась в Москву, то 27 августа в вагон ворвалась банда красноармейцев. Они убили членов комиссии, а тела их выбросили из поезда. Самого архиепископа Василия сбросили с Камского моста в реку. Тело владыки и убитых вместе с ним похоронили крестьяне. К могилам мучеников начались паломничества. Чтобы воспрепятствовать этому, большевики ночью выкопали тела и предали их сожжению. По другой версии, архиепископ Василий был арестован и после непродолжительного тюремного заключения расстрелян вместе с другими членами комиссии.