Учился в Киевской духовной семинарии, которую окончил в 1883 г., а затем в Духовной Академии. Будучи воспитанником семинарии, выполнял послушание чтеца знаменитого догматиста профессора КДА архимандрита Сильвестра (Малеванского). В обязанности Иустина входило чтение вслух имевшему слабое зрение профессору сочинений богословского характера. По окончании КДА Иустин Львович получил степень кандидата богословия, а затем работал учителем в церковно-приходской школе с. Липовка Киевской губ., законоучителем в двухклассном министерском училище мест. Шпола.
Местечко Шпола, одно из беднейших в губернии, было почти целиком заражено штундизмом. Обстоятельно изучив учение секты, Иустин Львович пришел к мысли, что деятельность светского миссионера может принести больше плодов, чем миссионера из духовенства. Он письменно изложил свои соображения по этому поводу и подал докладную записку митрополиту Киевскому Платону (Городецкому), эти соображения были полностью приняты, и Иустин Львович был назначен миссионером Киевской епархии. С 1890 г. по 1910 г. исполнял обязанности епархиального миссионера в Полтавской губернии.
В 1892 г. в Троицкой семинарской церкви в Полтаве Иустин Львович был рукоположен во священника, через 10 лет он был возведен в сан протоиерея. Епархиальное начальство высоко ценя заслуги протоиерея Иустина неоднократно предлагало принять ему сан архиерея, но он по своему смирению всякий раз отказывался. 10 декабря 1910г. в Полтаве протоиерей Иустин был пострижен в монашество с именем Сильвестр, а 3 января 1911 г. в Петербурге митрополит Московский и Коломенский Владимир (Богоявленский), митрополит Киевский и Галицкий Флавиан (Городецкий) совершили хиротонию архимандрита Сильвестра во епископа Прилуцкого, викария Полтавской епархии.
В 1914 г. епископ Сильвестр был назначен епископом Челябинским, викарием Оренбургской епархии, а через год - епископом Омским и Павлодарским. Участвовал в работе Поместного собора 1917/18 г., в январе 1918 вернулся в Омск. 6 февраля 1918 г. был арестован за "контрреволюционную деятельность", но освобожден через два дня из-за начавшихся массовых народных волнений в городе.
В апреле 1918 г. патриарх Тихон возвел епископа Сильвестра в сан архиепископа. В ноябре 1918г. он избран главой Высшего временного церковного управления Сибири. В конце 1919г. при отступлении Белой армии из Омска остался с вверенной ему Богом паствой и был сразу же арестован большевиками. В течение двух месяцев подвергался истязаниям в ЧК, где от него безрезультатно требовали "покаяния". Прибив руки святителя гвоздями к полу, безбожные изверги раскаленными шомполами прижигали его тело, а затем пронзили ему сердце.